En Guanajuato se gesta la Independencia nacional.
La desigualdad y las injusticias eran debatidas por los criollos en reuniones clandestinas que buscaban poner remedio al mal gobierno. En septiembre de 1810 uno de los grupos fue descubierto y, como consecuencia, el cura del pueblo guanajuatense de Dolores, don Miguel Hidalgo y Costilla, tuvo que apresurar el levantamiento y la noche del 15 de septiembre del mismo año llamó al pueblo a las armas, con el ya famoso grito de Dolores.
En los primeros años de la conquista, los franciscanos, los dominicos y algunos grandes religiosos como Bartolomé de las Casas o el tata Vasco habían sentado las bases de una sociedad igualitaria que desarrollara en América la utopía humanista europea. Pero fueron vencidos. A mediados del siglo XVIII los Borbones recortaron la autonomía local centralizando el poder del monarca, expulsando a los jesuitas, organizando un ejército regular e incrementando las tasas y los envíos de lingotes. Los criollos, cada vez más incómodos con su situación, aprovecharon los ecos de la independencia norteamericana y la debilidad de la Corona por la invasión de Napoleón a España para reunirse en cenáculos con la intención de mejorar sus posibilidades, impulsar el comercio, bajar los impuestos y, en general, tratar de liberar las trabas al buen gobierno. España, escasa de fondos e incapaz de controlar las rutas marítimas con México, no estaba en condiciones para detener una mecha que, tras cuatro años de luchas, llevó a la Independencia a la principal de sus colonias americanas.
A medida que progresaba la Nueva España, se fue forjando entre los colonos una élite criolla, oriunda de México y orgullosa de su nueva patria que construía importantes universidades, haciendas y palacios, pero tenía imposibilitado el acceso a los puestos más importantes del Gobierno y la Iglesia, reservados a los españoles peninsulares. La revolución norteamericana de 1776 supuso un ejemplo de rebelión que se sumó a otras causas de descontento: la centralización borbónica frente al deseo de autonomía acorde con las nuevas teorías económicas; la debilitación de la Iglesia local con la expulsión de los jesuitas; las injerencias de los funcionarios españoles en la vida cotidiana; la incapacidad de la Corona española para garantizar las rutas marítimas; y las nuevas prohibiciones comerciales y agrícolas. El 15 de septiembre de 1810, el cura párroco Miguel Hidalgo lanzo su famoso grito llamando a las armas por la causa de la Independencia. La revuelta fracasó e Hidalgo fue ejecutado. Cuatro años después, un segundo alzamiento encabezado por José María Morelos resulto igualmente aplastado. Pero la fruta estaba madura y en 1821 se proclamó la Independencia. México era un país soberano.
Tras el grito del cura Miguel Hidalgo y Costilla en Dolores, proclamando la Independencia de México en la madrugada del 16 de septiembre de 1810, se toma la ciudad de Guanajuato el 30 de septiembre. Después, en 1821, los jefes militares Luis de Cortázar y Anastasio Bustamante se adhirieron al Plan de Iguala y ocuparon de nuevo la ciudad el 24 de marzo. Muchos valientes guanajuatenses lucharon por la Independencia mexicana, entre otros los hermanos Albino y Francisco García, Juan Aldama, Mariano Abasolo, José María Liceaga y Encarnación Ortiz.
El 8 de Julio de 1821 se jura por primera vez la Independencia de México en toda la provincia de Guanajuato. Tres años más tarde, el Congreso Constituyente de México, en el que se firma el acta constitutiva de la federación, da a la entidad el nombre de Estado Libre y Soberano de Guanajuato. Finalmente, el 14 de abril de 1826 se proclama la Constitución Política del Estado de Guanajuato. El turbulento siglo XIX mexicano incluye el gobierno del general Antonio López de Santa Anna, cuando México perdió gran parte de su territorio del norte y Guanajuato, bajo el mando del general Gabriel Valencia, contribuyó con seis mil soldados contra la invasión del ejército norteamericano.
El Pípila es uno de los héroes indudables de la mitología de la Independencia mexicana. Su patriótica gesta es muy conocida. Acompañó al ejército de Miguel Hidalgo en la toma de Guanajuato, pero se resistía el último bastión de los españoles, La Alhóndiga. Mientras no cayera, el triunfo insurgente sería imposible. Hidalgo intuyó que la única manera de conseguirlo era incendiando la puerta. Se dirigió a un minero y le dijo: “¡Pípila! La patria necesita tu valor, ¿te atreves a quemar la puerta de la Alhóndiga?”. Sin siquiera responder, el Pípila tomó una antorcha, se ató una enorme losa de piedra a la espalda para protegerse y, bajo una lluvia de balas, cumplió el encargo.
Los que creen en el rigor histórico de esta proeza sostienen que el Pípila se llamaba Juan José de los Reyes y era el hijo de Pedro Martínez y María Rufina Amaro; que nació el 3 de enero de 1782 en el nº 90 de la calle del Terraplén de San Miguel el Grande de Guanajuato; y que fue un minero apodado desde muchacho el Pípila, nombre que se le da en el Bajío al guajolote o pavo doméstico, por las pecas que llenaban su cara dándole el aspecto punteado del plumaje de esas aves.